高层二次供水是指在建筑物内部的供水系统中，将从楼顶储水池取水后，经过净化处理后再次供水到各层住户。在这个过程中，由于涉及到水的输送和净化等费用，因此需要对住户进行收费。一般来说，高层二次供水的收费是从第三层开始计算的。

为什么要从第三层开始计算呢？这主要是因为在建筑物内部的供水系统中，一楼和二楼的供水主要是通过直接连接市政供水管道实现的，不需要经过楼顶储水池的二次供水系统进行处理。因此，一楼和二楼的居民不需要支付高层二次供水的费用。

但是从第三层开始，由于水需要通过楼顶储水池进行处理和输送，因此需要支付高层二次供水的费用。根据具体的收费标准，收费金额可能会随着层数的增加而逐渐上涨，这需要根据不同的建筑物和供水系统进行具体的计算和规定。

需要注意的是，在实际的收费过程中，可能会存在一些特殊情况，例如建筑物内部存在电梯房或者其他特殊场景，这些情况可能会对收费的具体规定产生一定的影响。因此，在具体的实施过程中，需要根据实际情况进行相应的调整和规定。

总之，高层二次供水的收费是从第三层开始计算的，这是因为在建筑物内部的供水系统中，一楼和二楼的供水主要是通过直接连接市政供水管道实现的，不需要经过楼顶储水池的二次供水系统进行处理，因此不需要支付高层二次供水的费用。