农村合作社是一种由农民自愿组成的经济组织形式，旨在促进农村经济发展和提高农民收入。注册资本是农村合作社的基础性质之一，它决定了合作社的规模和运营能力。

根据《农村合作社条例》的规定，农村合作社的注册资本应当不低于1000元人民币。这是最低的注册资本要求，也是法律规定的最低限度。在实际操作中，由于农村合作社的规模和业务范围不同，注册资本的具体数额也会有所不同。

一般来说，农村合作社的注册资本应当根据其业务规模和发展需求来确定。如果合作社的业务较小，主要从事一些农村基层服务和生产经营活动，那么注册资本可以在1000元到5000元之间。如果合作社的业务较为复杂，需要进行较大规模的农产品销售、农村电商、农业科技等方面的投资和经营，那么注册资本就需要在1万元以上。

总之，农村合作社的注册资本应当根据实际情况灵活确定，既要满足法律规定，又要考虑到合作社的规模和发展需求。只有合理确定注册资本，才能帮助合作社更好地发展，促进农村经济的繁荣。