郑州博物馆和河南博物院都是河南省内知名的博物馆，但它们之间存在着不同之处。

首先，它们的历史和背景不同。郑州博物馆成立于1957年，是河南第一家博物馆，也是中国最早的县级博物馆之一。而河南博物院则是在郑州博物馆基础上发展而来，于1998年正式成立，并于2009年迁至新址。

其次，它们的规模和藏品不同。郑州博物馆以历史文化为主题，展厅面积约为6000平方米，收藏的文物以商代青铜器和汉代陶俑为代表，同时还有宋代瓷器、明清家具等。而河南博物院则以陈列展示为主，展厅面积达到3万平方米，收藏的文物以先秦时期的青铜器和汉代的玉器为代表，同时还有唐宋时期的陶瓷、明清时期的文房四宝等。

最后，它们的展览方式也有所不同。郑州博物馆采用的是传统的静态展览方式，让观众通过文物和图片了解历史文化。而河南博物院则采用了多媒体、数字化等现代展示手段，让观众更加直观地感受历史文化。

综上所述，虽然郑州博物馆和河南博物院都是河南省内知名的博物馆，但它们在历史背景、规模藏品和展览方式等方面存在着不同之处。