武汉工程大学和河南农业大学都是我国重要的大学之一。然而，在它们之间存在一个重要的区别，那就是武汉工程大学是一所本科二级学院，而河南农业大学则是一所本科一级学院。

具体而言，武汉工程大学是一所重点工科院校，成立于1958年，是教育部和湖北省人民政府共建的本科二级学院。学校的主要特色是工程和技术，拥有包括机械工程、电子信息工程、化学工程、土木工程、计算机科学与技术在内的多个学科专业。武汉工程大学拥有着良好的师资力量和研究能力，是国内高水平的工程院校之一。

与之相比，河南农业大学是一所本科一级学院，成立于1956年，是河南省政府和教育部共建的重点大学。学校主要关注农业和生命科学领域，拥有农学、生物学、食品科学与工程、动物医学等多个学科专业。河南农业大学在农业科技和生命科学领域具有卓越的研究能力和师资力量，是国内知名的农业院校之一。

总的来说，武汉工程大学和河南农业大学都是非常优秀的高校，各有其独特的教学和研究特色。虽然它们之间存在一定的差异，但都为我国的高等教育事业做出了重要贡献。