三方协议是指由三个以上单位或个人签署的协议，其目的是为了达成共同的目标以及共享风险和利益。而隶属部门分公司则是指某一公司下属的独立法人，其有自己的管理层和财务制度，并独立承担对外经营和管理责任。

在三方协议中，如果其中一方为隶属部门分公司，则其在协议中的角色应该是作为该公司的独立法人，与其他签署方具有相同的权利和义务。同时，该分公司应该严格按照公司管理层的指示和财务制度进行经营和管理，并承担相应的市场风险和经营风险。

对于其他签署方而言，与隶属部门分公司签署三方协议应该认真审查其所属公司的资质和信誉，以确保合作双方能够共同达成协议目标，并共享风险和利益。同时，签署方应该明确分公司与母公司的法律关系，以及分公司在协议中所承担的责任和义务。

总之，隶属部门分公司在三方协议中的角色应该是作为独立法人，独立承担责任，并与其他签署方共同达成协议目标。同时，各方应该在签署协议前认真审查分公司的资质和信誉，以确保合作的顺利进行。