本草经集注和神农本草经都是中国古代药学的经典著作。虽然它们都是关于药用植物的描述和分类，但它们之间存在一些区别。

首先，本草经集注是南北朝时期的文献，由陈藏器所著。它是对《神农本草经》的注释和补充，对药物的性味、功效、用量等进行了细致的说明。而《神农本草经》是中国最早的药物学著作，据传是神农氏所著，它将药物分为“上品”、“中品”和“下品”，并对每种药物的属性和功效进行了简单的描述。

其次，在内容上，本草经集注更加详细和全面。它收录了许多新的药物，对旧有药物的描述也更加详尽。它不仅注重对药物的描述，还注重对病症的诊断和治疗，是一本综合性的医学著作。而《神农本草经》则更加注重对药物的分类和归纳。

最后，两本书的语言风格也不同。本草经集注的语言更加简洁明了，注重实用性，方便医生和患者使用。而《神农本草经》的语言则更加诗意化和象征化，带有很强的神话色彩。

总之，本草经集注和神农本草经都是中国古代药学的经典之作。它们在内容和语言上都有所不同，但都为后人提供了宝贵的药物学和医学知识。