机动车合格证是机动车的重要证明文件之一，它记录了车辆的基本信息和质量检测等重要信息。那么，机动车合格证会被车管所收掉吗？这是许多车主关心的问题。

首先，需要明确的是，机动车合格证是车主的合法财产，车管所没有权利收取车主的机动车合格证。而且，机动车合格证是机动车上路行驶的必要证明文件之一，车主在驾驶机动车时必须携带合格证。因此，车管所不会要求车主交出机动车合格证。

但是，在一些特殊情况下，车管所可能会暂扣机动车合格证。例如，车辆存在违法行为，需要进行处罚的情况下，车管所可能会对机动车合格证进行暂扣。此外，在车辆需要进行维修或改装的情况下，车管所也可能会暂时收取机动车合格证，以确保车辆在维修或改装期间符合相关的安全标准和要求。

总之，机动车合格证是车主的合法财产，车管所没有权利收取车主的机动车合格证。但在特定情况下，车管所可能会暂扣机动车合格证。因此，作为车主，我们需要严格遵守交通法规，确保自己的车辆符合相关的安全标准和要求，以免遭受车辆合格证被暂扣的风险。