硕士毕业论文是研究生在完成研究生课程学习后所必须提交的最终成果。在撰写论文时，字数的限制是非常重要的问题，因为它直接关系到论文的深度和广度。在论文的字数限制中，参考文献一般也是需要计入在内的。

一般来说，硕士毕业论文的字数限制是由学校或指导教师进行规定的。在国内一般是在20000-50000字之间，其中参考文献一般不超过200篇。因此，在撰写论文时，需要掌握好字数和参考文献的比例，准确控制好论文的长度。

在写论文时，参考文献是非常重要的组成部分。参考文献的作用是为了证明论文中观点、结论的可靠性，并为读者提供进一步阅读的材料。因此，参考文献的数量和质量也是评价论文水平的一个重要指标。

在计算字数时，一般来说，参考文献的字数也是需要计入在内的。一般来说，每篇参考文献的字数约为100字左右，因此200篇参考文献约占用20000字的长度。因此，在撰写论文时，需要准确计算参考文献的数量和长度，以便在规定的字数限制内完成论文的撰写。

总之，在撰写硕士毕业论文时，需要掌握好字数和参考文献的比例，准确计算文字和参考文献的数量和长度，以确保论文的深度和广度，并达到学术要求。