商务登机楼和普通候机区是两种不同的机场设施，它们在服务质量、舒适度和航班体验等方面都存在很大的差别。

首先，商务登机楼通常是面向商务旅客和高端旅游者的，提供更高端的服务和设施。商务登机楼通常设有VIP休息室、豪华餐厅、高端商店、私人洗手间和淋浴设施等。这些设施能够给旅客提供更舒适的体验，并且让旅客在短暂的停留时间内感到更加放松和舒适。

相比之下，普通候机区则是面向大众旅客的。虽然也提供基本的服务和设施，但相对于商务登机楼来说，普通候机区的服务和设施相对简陋。普通候机区通常只提供基本的餐饮服务、商店和洗手间，旅客需要在相对狭小的空间内等待航班的起飞。尽管普通候机区的服务和设施不如商务登机楼般高端，但也能够满足大部分旅客的需求。

除了服务和设施的区别，商务登机楼和普通候机区在航班体验方面也有着明显的差异。商务登机楼通常安排旅客优先登机，提供更加豪华的座位和座椅，以及更加专业的服务人员。这些服务能够让商务旅客在航班中享受更高品质的旅行体验。

综上所述，商务登机楼和普通候机区在服务质量、舒适度和航班体验等方面存在着很大的差别。商务登机楼提供更高端的服务和设施，更加舒适的体验，而普通候机区则是服务大众的基本机场设施。