《刀剑神域》第二季的故事发生在第一季结束后的一年。桐人在现实世界中被邀请测试一款名为《Gun Gale Online》(GGO)的新型虚拟现实游戏。在游戏中，他化身为名为“Kirito”的枪手，与一位名叫“Sinon”的女性玩家结伴闯荡。Sinon是一位狙击手，她曾在现实生活中遭受过枪击事件的创伤，因此将自己的所有希望寄托在虚拟世界中。Kirito和Sinon带领着更多的玩家一起探索GGO的奥秘。

故事的重点在于Kirito和Sinon的角色发展和他们的关系。Kirito在游戏中的表现得到了Sinon的认可，两人之间产生了互相信任的感情。然而，当Kirito开始调查一个名为“Death Gun”的凶手时，事情变得更加复杂。Death Gun是一个神秘的杀手，他能够在虚拟世界中杀死玩家，并在现实中将他们杀害。Kirito必须与Sinon一起努力，才能解开Death Gun的真正身份和他的目的。

在最终的战斗中，Kirito和Sinon面对着Death Gun。他们的信任和友谊被考验，但最终他们在一起击败了Death Gun。这个故事也呈现出了现实生活和虚拟世界之间的联系和冲突，以及人们在虚拟世界中的行为和影响。