动车特等座和商务座都是高铁列车上的高级座位，它们之间的区别主要在于以下几个方面。

首先，动车特等座是高铁列车上的最高等级座位，而商务座则是次高等级。动车特等座的座位配置更加宽敞，座椅也更加舒适，配备有独立电视、落地窗、电源插座等设施，提供更好的视听娱乐和舒适性。而商务座的座位舒适度也很高，但相对来说设施要简单一些。

其次，动车特等座的服务也更加周到。动车特等座的乘客可以享受到专属的接待和服务，例如专门的候车室、个人行李寄存、高档餐饮服务、VIP接送等。商务座的服务也很好，但相对来说要简单一些。

最后，动车特等座和商务座的价格也有所不同。动车特等座的价格是最贵的，而商务座的价格相对来说要便宜一些。

综上所述，动车特等座和商务座都是高铁列车上的高级座位，它们之间的区别主要在于座位的舒适度、服务的质量和价格的高低。如果您追求更高的舒适度和更全面的服务，那么动车特等座是您的不二选择；如果您对价格更为敏感，那么商务座也是一个很好的选择。