如果火车晚点三个小时，您可以根据铁路局的相关规定办理退票手续。

首先，如果您在购票时选择了“全额退款”，那么在火车晚点三个小时后，您可以前往车站售票窗口或者通过12306网站办理退票手续，全额退款将在3-7个工作日内退回您的支付账户。

其次，如果您在购票时选择了“部分退款”，根据铁路局的规定，如果火车晚点三个小时以上，您可以前往车站售票窗口办理退票手续，根据实际晚点时间，铁路局将会退还您部分车费。

需要注意的是，如果您已经取过票但未上车，火车晚点三个小时以上，您可以前往车站售票窗口办理退票手续，退回您的车票费用。如果您已经乘坐火车但未达到目的地，火车晚点三个小时以上，您可以在到达目的地后前往车站售票窗口办理退票手续，退回您的车票费用。

总之，在火车晚点三个小时以上的情况下，您可以根据铁路局的相关规定办理退票手续。希望上述信息能为您提供帮助。