京东自营旗舰店的东西比实体店便宜的原因有很多，以下是几个主要原因。

首先，京东自营旗舰店省去了实体店的租金、人工、装修等成本，因此可以将成本节省下来，以更低的价格销售商品。

其次，京东自营旗舰店的经营范围更加广泛，可以采购更多的商品，形成更大的采购量，从而获得更低的采购价格。同时，京东自营旗舰店还能够直接与厂家合作，省去了中间商的环节，进一步降低成本。

再次，京东自营旗舰店采用了先进的物流配送系统，能够快速准确地将商品送到消费者手中，同时节约了物流成本。

最后，京东自营旗舰店为了吸引消费者，经常会进行促销活动、打折销售等，从而进一步降低了商品价格。

综上所述，京东自营旗舰店之所以比实体店便宜，主要是因为省去了实体店的租金、人工、装修等成本，采购量更大、价格更低，物流成本更低，同时经常进行促销活动。因此，选择在京东自营旗舰店购物，不仅价格更优惠，还能够享受更加便捷的购物体验。