近几年来，北京市交通管理部门对外地车辆进入城区实行了进京证管理制度，要求外地车辆必须持有进京证方可进入北京市区。然而，仍有不少车主对此规定不太了解，或者是故意违规，驾驶未持有进京证的车辆进入北京市区。那么，对于这些违规行为，交通管理部门是如何进行处罚的呢？

首先，如果车主驾驶未持有进京证的车辆进入北京市区，交通管理部门会对其进行罚款。根据北京市《道路交通安全违法行为处理程序规定》的规定，未持有进京证进入北京市区的车辆将被处以200元罚款。

其次，如果车主的违法行为情节严重，交通管理部门还可能对其进行违章记录的记分处理。根据《道路交通安全法》的规定，未持有进京证进入北京市区的车辆将被记3分。同时，对于记满12分的驾驶员，交通管理部门将对其进行吊销驾驶证或者是进行其他惩罚措施。

最后，对于故意违规驾驶未持有进京证的车辆，交通管理部门还可能对其进行扣车处罚。扣车期间，车主需按照规定的程序进行相关手续，并缴纳相应的罚款。扣车期间，车主无法使用该车辆，并需承担相应的停车费用。

综上所述，驾驶未持有进京证的车辆进入北京市区是违法行为，交通管理部门将会对违规车辆进行罚款、记分或者扣车等处罚措施。因此，我们建议车主朋友们在驾车前一定要了解相关规定，遵守交通管理部门的规定，保障自己的行车安全和合法权益。