刺客信条起源是一款以古埃及为背景的游戏，故事情节围绕着现代主角Desmond Miles展开。Desmond是一名美国男子，具有刺客血统，被绑架到一个名为“安康”（Abstergo）的科技公司进行实验。该公司试图利用一种名为Animus的设备将Desmond的祖先的记忆提取出来，以便获取有关古代文明的信息。

在游戏中，玩家扮演的是Desmond的祖先——埃及刺客Bayek。在游戏中，Bayek是一名为正义而战的刺客，他的目标是消灭那些破坏埃及和平的人。Bayek的冒险旅程让玩家深入了解了古埃及的历史和文化，并为Desmond的故事提供了背景。

随着游戏的发展，Desmond开始意识到他的命运与他的祖先有着深刻的联系。他发现自己被绑架是因为他是刺客家族的后代，而安康公司则是圣殿骑士团的控制下的企业，圣殿骑士团是刺客的敌人。在Desmond的帮助下，刺客家族试图阻止圣殿骑士团的计划，保护世界免受他们的控制。

在游戏的最后，Desmond最终使用Animus设备，将他的祖先的记忆融合在一起，以便获得刺客家族的知识和技能，帮助他在现代世界中战斗。这个故事让玩家深刻地认识到了刺客和圣殿骑士团之间的斗争，以及现代世界与古代历史之间的联系。