在现代交通中，两轮电动车已经成为了城市中常见的代步工具之一。但是在行驶过程中，如果发生了交通违法行为，那么就会被扣除相应的违章扣分。但是，有些情况下，两轮电动车的车主并没有违规，但是却被扣除了相应的扣分，那么这种情况下该如何处理呢？

首先，车主需要明确自己的权益。在中国的交通法规中，对于两轮电动车的违法行为是有明确规定的，但是如果车主本人并没有实施违法行为，那么就不应该被扣除相应的扣分。因此，车主需要了解自己的权益，知道如何维护自己的合法权益。

其次，车主需要及时处理。如果发现自己被扣除了不该扣的违章扣分，那么车主需要及时处理这个问题。可以通过向交通管理部门提出申诉，或者向交警部门进行咨询等方式，寻求解决方案。同时，车主也可以通过法律途径来维护自己的权益。

最后，车主需要保持沟通。在处理这种问题的过程中，车主需要保持与相关部门的沟通。无论是向交通管理部门提出申诉，还是向交警部门进行咨询，都需要保持积极的沟通，让相关部门了解自己的情况，并寻求解决方案。通过有效的沟通和协商，往往可以达成双方都满意的解决方案。

综上所述，如果车主发现自己的两轮电动车被扣除了不应该扣的违章扣分，那么需要及时处理，并保持与相关部门的沟通。只有这样，才能维护自己的合法权益，保障自己的交通安全。