协议过户摩托车是否合法一直是摩托车交易中常见的问题。根据相关法律法规规定，协议过户摩托车存在一定的风险，但在一定的前提下是可以合法进行的。

首先，根据《民法总则》规定，协议过户是合法的。在摩托车交易中，双方可以通过签订协议，将车辆的所有权转移给购买方。但是，协议过户需要注意以下几个方面：

第一，协议过户需要满足法定程序。在摩托车交易中，双方需要在公证机关或者交通管理部门办理过户手续，否则协议过户将无效。因此，在进行协议过户时，双方需要了解相关的过户程序和要求，确保过户的合法性。

第二，协议过户需要注意交易的真实性。在摩托车交易中，协议过户存在一定的风险，可能会遇到卖方虚假出售车辆、劣质车辆等情况。因此，在进行协议过户时，购买方需要认真核实车辆的真实性，包括车辆的产权、车况、交通事故记录等信息。

第三，协议过户需要保证双方的合法权益。在摩托车交易中，双方需要签订合法有效的协议，明确交易的各项条款和条件，确保双方的合法权益。此外，购买方需要在交易前仔细阅读协议内容，避免签订一些不利于自己的条款。

综上所述，协议过户摩托车在一定的前提下是合法的。但是，在进行协议过户时，双方需要注意相关法律法规的规定，确保过户的合法性和真实性，保障自身的合法权益。