MBR磁盘和GPT磁盘是计算机硬件中常见的两种磁盘分区格式。MBR（Master Boot Record）磁盘是一种早期的磁盘格式，它最初被设计用于IBM PC-DOS操作系统，后来被广泛应用于各种Windows操作系统中。GPT（GUID Partition Table）磁盘则是一种新的、基于UEFI（Unified Extensible Firmware Interface）的磁盘格式，目前被广泛应用于各种新型计算机和操作系统中。

首先，MBR磁盘和GPT磁盘的分区结构有所不同。MBR磁盘采用的是传统的分区方式，即将整个磁盘分为4个主分区或3个主分区和1个扩展分区。而GPT磁盘则采用的是新型的GUID分区方式，它可以支持最多128个分区。此外，GPT磁盘还具有更大的分区容量，最大支持18EB（1EB=1024PB）的分区容量，而MBR磁盘最大只支持2TB的分区容量。

其次，MBR磁盘和GPT磁盘的启动方式也有所不同。MBR磁盘采用的是传统的BIOS（Basic Input/Output System）启动方式，而GPT磁盘则采用的是新型的UEFI启动方式。UEFI启动方式具有更高的安全性和可靠性，同时还支持更多的启动选项，例如启动时可以选择不同的操作系统，或者通过网络启动等功能。

最后，MBR磁盘和GPT磁盘的兼容性也有所不同。由于MBR磁盘是早期的磁盘格式，因此它可以被几乎所有现代操作系统所识别和使用，包括Windows、Linux、macOS等。而GPT磁盘则需要一些比较新的操作系统和硬件支持，例如Windows 7之前的操作系统不支持GPT磁盘，同时需要支持UEFI启动的计算机才能够使用GPT磁盘。

综上所述，MBR磁盘和GPT磁盘在分区结构、启动方式和兼容性等方面都有所不同。当选择磁盘格式时，需要考虑自己的计算机硬件和操作系统支持的情况，以及对于分区容量和启动方式的需求。