四氟醚菊酯和四氟甲醚菊酯都是一种常用的麻醉药物，它们在化学结构上非常相似，但是在药理学和临床应用上有一些区别。

首先，四氟醚菊酯的化学名称为2,2,2-三氟乙基-1-（1-丙氧基）环丙基甲酮，而四氟甲醚菊酯的化学名称为2,2,2-三氟乙基-1-（1-甲氧基）环丙基甲酮。可以看出，它们的主要区别在于甲氧基和丙氧基的差异。

在药理学方面，四氟醚菊酯和四氟甲醚菊酯的作用机制类似，都是通过抑制神经传递来产生麻醉效果。但是，四氟甲醚菊酯的作用速度比四氟醚菊酯更快，而且它的麻醉效果也更强。

在临床应用方面，四氟甲醚菊酯常用于短时间的手术和麻醉操作，因为它的作用时间比较短，而四氟醚菊酯则常用于需要长时间麻醉的手术，因为它的作用时间较长。

此外，二者在副作用和安全性方面也有所不同。四氟甲醚菊酯的副作用较少，但是由于作用速度过快，容易引起呼吸抑制和心血管系统抑制等严重问题。而四氟醚菊酯的副作用相对较多，但是作用速度较慢，对心血管和呼吸系统的影响也较小。

综上所述，虽然四氟醚菊酯和四氟甲醚菊酯在化学结构上非常相似，但是它们在药理学和临床应用上存在一些区别，医生需要根据患者的具体情况选择合适的麻醉药物。