混凝土柱钢筋保护层是保证柱子在使用过程中不会出现钢筋锈蚀的重要保护措施。然而，有时候由于施工或设计等原因，柱子的钢筋保护层厚度可能会比较小，这就需要采取相应的措施进行处理。

一、加强养护

保证混凝土柱的保护层养护得当，加强保护措施。在混凝土浇筑后，对柱子进行充分的养护，保证混凝土的强度和密实度，使钢筋得到更好的保护。例如，可以采用覆盖塑料薄膜等方式，使混凝土柱表面保持湿润状态，加强养护。

二、增加防护层

如果柱子的钢筋保护层厚度比较小，可以采取增加防护层的方式进行处理。例如，在柱子的表面涂刷玻璃纤维增强防护层等，保证钢筋得到更好的保护。这种方式可以有效地增加钢筋保护层的厚度，提高柱子的抗压强度和使用寿命。

三、加固柱子结构

钢筋保护层厚度小的柱子容易出现钢筋锈蚀和混凝土开裂等问题，因此需要加固柱子结构，提高柱子的承载能力。例如，可以采用加粗钢筋、增加柱子截面面积等方式进行处理，提高柱子的抗压强度和韧性。

综上所述，混凝土柱钢筋保护层厚度小需要采取相应的措施进行处理，加强养护、增加防护层以及加固柱子结构等都是有效的方式。对于施工和设计人员而言，应该在设计和施工过程中充分考虑柱子的保护层厚度，保证柱子的使用寿命和安全性。