金门通行证和台湾通行证是两种不同的证件，虽然它们都可以用于台湾地区的出入境。金门通行证是发放给持有大陆居民身份证的居民前往金门地区旅游、探亲、商务等目的的证件，而台湾通行证则是发放给外籍人士或持有其他国家护照的人前往台湾地区旅游、探亲、商务等目的的证件。

除了发放对象不同，金门通行证和台湾通行证的办理流程和要求也有所不同。持有大陆居民身份证的申请人需要提供身份证和其他相关材料，如旅游行程证明、探亲关系证明等，申请金门通行证。而申请台湾通行证则需要提供护照、签证申请表、旅游行程证明等。此外，两种证件的有效期和使用范围也不同。金门通行证有效期为1年，仅可用于进出金门地区；而台湾通行证有效期根据签发目的不同而有所不同，可用于进出台湾地区。

总之，虽然金门通行证和台湾通行证都是用于进出台湾地区的证件，但是它们的持有对象、办理流程、要求、有效期和使用范围等方面都有所不同。因此，申请人在选择办理哪种证件时，应根据自己的具体情况和需要仔细选择，并遵守相关的申请和使用规定。