支付宝公交电子卡是一种方便快捷的支付方式，用户可以通过支付宝钱包绑定自己的银行卡，然后在公交车上刷卡乘车。当用户在公交车上刷卡时，电子卡钱会自动扣除相应的车费。

那么，支付宝公交电子卡钱在哪里扣呢？其实，电子卡钱是在乘客上车后，通过公交车上的读卡器识别用户的电子卡信息，然后向支付宝系统发起扣款请求，最后由支付宝系统完成扣款操作。这个过程是非常快速的，通常只需要几秒钟就可以完成。

需要注意的是，用户在刷卡之前必须保证自己的支付宝账户有足够的余额。否则，电子卡钱就无法扣除，导致无法乘车。此外，如果用户的支付宝账户绑定的银行卡余额不足，支付宝会自动使用余额宝或花呗等其他支付方式进行补足。

总之，支付宝公交电子卡钱是在公交车上通过读卡器识别用户的电子卡信息，并由支付宝系统完成扣款操作。用户刷卡前需要保证支付宝账户余额充足，否则无法完成支付。