赤藓糖醇和木糖醇都是常见的低卡甜味剂，但它们在化学结构和特性上有所不同。

首先，赤藓糖醇的化学名称为山梨醇，分子式为C6H14O6，是一种六碳糖醇，具有甜味和润滑性，常用于糖果、口香糖、饮料等食品和药品中。赤藓糖醇的甜度约为蔗糖的一半，而且对人体血糖影响较小，可作为糖尿病患者和减肥者的替代品。此外，赤藓糖醇不易被口腔细菌代谢，有助于预防蛀牙。

而木糖醇的化学名称为木糖醇，分子式为C5H12O5，是一种五碳糖醇，也具有甜味和润滑性，常用于糖果、口香糖、饮料、口腔清凉剂等食品和药品中。木糖醇的甜度约为蔗糖的0.7倍，同样具有低卡和低血糖的特点。此外，木糖醇不易被肠道吸收和代谢，会在大肠中被细菌发酵，产生气体和乳酸，可能会引起腹泻和胀气，因此建议在使用时逐渐增加剂量。

综上所述，赤藓糖醇和木糖醇都是低卡甜味剂，但赤藓糖醇是六碳糖醇，甜度约为蔗糖的一半，不易被口腔细菌代谢，适合糖尿病患者和减肥者；而木糖醇是五碳糖醇，甜度约为蔗糖的0.7倍，不易被肠道吸收和代谢，可能会引起腹泻和胀气，建议逐渐增加剂量。因此，在选择使用甜味剂时，应根据个人情况和需要选择适合自己的产品。