ETC通行过后，款项会在系统中进行结算和扣款。一般来说，银行会在24小时内将ETC通行所产生的费用从储蓄卡中扣除。

对于农行储蓄卡用户来说，一般情况下，扣款时间会在ETC通行后的第二天。但是，由于不同的地区和银行可能存在一些差异，具体的扣款时间可能会有所不同。

如果您发现ETC通行后储蓄卡账户未能及时扣款，建议您先检查一下账户余额是否充足，以确保扣款不会失败。如果账户余额不足，可能会导致扣款失败，需要及时充值。

如果您发现账户余额充足，但仍未能扣款成功，可能是由于银行系统繁忙或出现故障等原因导致的。这时候，建议您联系银行客服或前往银行柜台咨询，以解决问题。

总之，ETC通行后的扣款时间会在24小时内完成，但具体时间可能存在差异。如果出现扣款失败等问题，建议及时联系银行客服或前往银行柜台咨询，以便及时解决问题。