公孙贾杀商鞅的原因有很多，但主要可以归结为政治上的矛盾。商鞅是战国时期秦国的一位重要政治家和改革家，他的变法措施被认为是秦国强盛的基石，但同时也引来了大量反对者。

公孙贾是一个有野心的政治家，他认为商鞅的变法过于激进，不仅让百姓受苦，而且也影响到了他的政治利益。他与商鞅的矛盾开始于商鞅推行法家思想时，公孙贾认为这种思想过于偏激，不利于秦国的长远发展。此外，公孙贾还觉得商鞅过于专横，没有尊重他人的意见，这也让他对商鞅心生不满。

在这样的背景下，公孙贾不断寻找机会对商鞅进行攻击。最终，他在商鞅与赵国进行谈判时，趁机下手，杀死了商鞅。这个行动引起了秦国内部的巨大震荡，不仅让秦国政治失去了一个重要的改革家，而且也让公孙贾声名狼藉。

总之，公孙贾杀商鞅的原因是政治上的矛盾。他不满商鞅的政治立场，认为商鞅的变法过于激进，不利于秦国的长远发展。此外，他也对商鞅的专横行为感到不满。这些因素促使他最终下手，杀死了商鞅，但也让他自己成为了秦国历史上的罪人。