机要档案是国家机密文件，其保密程度十分高。在办理机要档案时，必须严格按照规定程序操作，以确保档案的安全性和完整性。然而，在实际操作中，有时会出现机要档案跨省被退回的情况。

这种情况的发生通常是由于审批程序存在问题，或是申请人提交的材料不全或不符合规定。当机要档案跨省被退回时，我们应该采取以下措施：

首先，及时了解退回原因。申请人应与档案所在省份的机要保密部门联系，了解退回原因，并根据要求提供相应的补充材料。

其次，尽快完善材料。根据退回原因，申请人应尽快完善材料，确保符合规定要求。在完善材料的过程中，申请人应尽量保持与机要保密部门的沟通，以确保材料的质量和完整性。

最后，重新提交申请。在完善材料后，申请人应及时重新提交申请，并按照规定程序进行审批。在审批过程中，申请人应注意保密，严格遵守规定程序，以确保机要档案的安全性和完整性。

总之，当机要档案跨省被退回时，申请人应及时了解退回原因，尽快完善材料，并重新提交申请。这样才能确保机要档案的安全性和完整性，保证国家机密的保密工作顺利进行。