京东商家运费险是一种保险服务，主要是为京东商家提供保障，当商品在物流运输过程中发生损坏或丢失时，商家可以获得一定的赔偿。那么，这项服务的收费方式是怎么样的呢？

首先，京东商家运费险的收费是按照商品的实际价值来计算的，一般来说，保险费率在商品价值的0.5%~1%之间。例如，如果商家要为一件价值1000元的商品购买运费险，那么保险费就是10元。

其次，京东商家运费险的保险费是在商家下单时一次性收取的，商家在支付订单时直接将保险费加入到订单总金额中，一并支付。

最后，需要注意的是，京东商家运费险的保险费是不退还的，即使商品在物流运输过程中没有发生任何问题，商家也无法申请退款。

总之，京东商家运费险的收费方式是比较简单明了的，商家只需要按照商品的实际价值来计算保险费，一次性支付即可。这项服务可以为商家在物流运输过程中提供一定的保障，让商家的交易更加安心。