佩恩摧毁木叶发生在《火影忍者》第二部第六十六集至第七十三集。在这个剧情中，佩恩作为暗部组织“晓”的成员，带领着六名身份不同的忍者袭击了木叶村。

佩恩的目的是寻找九尾狐，而为了达成目的，他不惜动用了自己独特的忍术，将木叶村的许多建筑物和人民都摧毁了。当时木叶村的忍者们非常无助，无法抵挡佩恩的攻击，许多人都丧生在了这场袭击中。

在佩恩摧毁木叶的过程中，主角漩涡鸣人也参与了战斗。他和自己的同伴们一起，尽力抵御佩恩的攻击，但最终还是无力阻止佩恩的破坏行为。

这一剧情的高潮出现在第七十二集，当漩涡鸣人与佩恩展开决战时，佩恩逐渐显露出自己的真实身份。原来佩恩并不是一个单纯的忍者，而是被另一个“晓”成员长门所操纵的人偶。在漩涡鸣人的劝说下，长门最终放弃了对木叶村的攻击，佩恩也随之消失。

佩恩摧毁木叶的剧情给观众留下了深刻的印象，这场攻击不仅让木叶村受到了严重的破坏，也让漩涡鸣人和他的同伴们意识到了忍者世界的残酷和无常。这一剧情的深度和感人程度，让这部动画作品在动漫迷中拥有了广泛的影响力。