材料成本差异率为负数，意味着实际成本低于预算成本，成本差异为负数。这种情况下，差异计入借方还是贷方，要根据具体的会计处理规则来确定。

一般来说，材料成本差异率为负数时，会计处理应该是将差异计入贷方。因为负数的差异表示实际成本低于预算成本，相当于企业获得了盈利。这部分盈利应该计入贷方，增加企业的收入。

当然，具体的会计处理也要根据企业的实际情况来确定。如果差异率较小，对企业的经营影响不大，也可以将差异计入借方进行处理。但是，必须保证会计处理的准确性和合法性，遵守相关的会计准则和法规。